Ett samarbete inleds nu mellan landets kliniska mikrobiologilaboratorier, SciLifeLab, Karolinska Institutet och Folkhälsomyndigheten för att utöka möjligheten för testning av covid-19 i Sverige.
Genom ett betydande anslag från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse till Lars Engstrand, professor i smittskydd och föreståndare för KI:s och SciLifeLab:s Centrum för Translationell Mikrobiomforskning (CTMR) skalar nu centret upp sin verksamhet i rekordfart för att kunna utföra analys av covid-19-prover på nationell nivå. Vid full produktion, vilket man hoppas kunna nå i nästa vecka, kommer CTMR att ha en kapacitet att utföra 5 000 analyser per dag. Under den senaste veckan har personalen vid CTMR utfört 2 000 tester i samarbete med Karolinska Universitetssjukhuset för att utvärdera att analysmetoden är pålitlig. Den utökade testningen för covid-19 kommer både handla om att avlasta sjukvården i de tester som nu görs på vårdpersonal men också en riktad testning i samhället. En prioritering av vilka som ska testas kommer kontinuerligt att göras i dialog med Folkhälsomyndigheten som från den 31 mars har i uppdrag att samordna all testning för coronaviruset.
Analyserna som sätts upp vid CTMR laboratoriet är samma typ av analyser som idag utförs på sjukhusens mikrobiologilaboratorier. Testerna bygger på analys av coronavirusets arvsmassa för att visa på en pågående infektion. Den här satsningen har gjorts möjlig genom ett sedan tidigare etablerat samarbete med forskningsinstitutet BGI/MGI i Shenzhen i södra Kina, med vilka man nu samarbetar för att få tillgång till kemikalier för analys och till instrument för automatiserad provhantering.
– Flera faktorer har gjort att vi så snabbt har kunnat skifta vårt forskningsfokus till covid-19-testning. Tack vare vårt samarbete med BGI/MGI har vi redan en instrumentpipeline uppsatt som passar för analys av coronaviruset. Vi har också via SciLifeLab tillgång till andra instrument vi behöver för att utöka kapaciteten och vi har ett bra nationellt nätverk av smittskyddsexpertis vid regionerna och Folkhälsomyndigheten som arbetat tillsammans länge med andra frågor. Vi är nu redo att köra, säger Lars Engstrand.
En utökad testning kräver inte bara en hög kapacitet för att analysera prov utan även att hela kedjan från provtagning av individen till att personen får ett svar och information om vad det innebär för till exempel sin arbetssituation.
– En flaskhals som vi har identifierat är hur analyssvar på ett säkert och effektivt sätt ska kunna skickas tillbaka till sjukhusens system och till individen. Vi har stor erfarenhet av att arbeta med sådana här typer av IT-system och tittar också på hur man har hanterat automatiserat provsvar vid andra typer av infektionssjukdomar, som till exempel klamydiatest, säger Per Sikora, koordinator vid regionalt Genomic Medicine Sweden GMS center, Sahlgrenska Universitetssjukhuset och sammankallande i GMS:s mikrobiologigrupp.
En koordineringsgrupp, med representanter från alla kliniska mikrobiologilaboratorier vid universitetssjukhusen, Folkhälsomyndigheten, SciLifeLab och Genomic Medicine Sweden (GMS), har tillsatts för att samordna covid-19-testningen vid CTMR laboratoriet. Gruppen leds av Lars Engstrand, och Per Sikora och koordineras genom Genomic Medicine Swedens arbetsutskott för mikrobiologi.
Anslaget till laboratoriet vid SciLifeLab och KI är en del av ett större stöd som KAW anslår för omedelbart stöd till coronatestning, både till kliniska laboratorier och till forskningsinsatser. Parallellt med arbetet för en utökad testning av covid-19 för vårdpersonal och i samhället pågår också arbete, under koordinering av SciLifeLab, med gensekvensering av hela viruset arvsmassa för att titta på spridning, provtagning av covid-19 patienter för analys av olika sjukdomsförlopp, utveckling av antikroppstester som används för att säkerställa om individer haft covid-19, samt utveckling av alternativa testmetoder.
