Covid-19 håller förhoppningsvis på att övergå från en pandemi till en mer säsongsbetonad infektionssjukdom som vi är vana att se. Att nya pandemier kommer att dyka upp förr eller senare är dock alla överens om. Men hur förberedda är vi inför nästa pandemi? Och vad mer behöver göras?
– Vi har under de senaste två åren arbetat upp rutiner för storskalig diagnostik och storskalig sekvensering i hela landet. Det gör att det blir lättare att göra det nästa gång det behövs, säger Jan Albert, professor i smittskydd vid Karolinska Institutet och överläkare på Klinisk mikrobiologi, Karolinska Universitetssjukhuset.
Kapacitet inom storskalig sekvensering
Jan Albert. Foto: Andreas Andersson
I Region Stockholm har man byggt upp en kapacitet för att göra storskalig helgenomsekvensering av 700–800 SARS-CoV-2 prover varje vecka. Sedan laboratoriet kom igång i början av 2021 har nästan 20 000 prover sekvenserats. Det innebär att man har en bra möjlighet att göra övervakning av olika varianter av SARS-CoV-2 viruset. En kapacitet för storskalig sekvensering har också byggts upp vid de andra större mikrobiologiska laboratorierna samt vid Nationellt pandemicenter på Karolinska Institutet.
– Det vi ser som en utmaning i beredskapen inför nästa pandemi är att avgöra hur mycket av den testnings- och sekvenseringskapacitet som vi har byggt upp som ska finnas kvar, säger Jan Albert.
I början av februari togs möjligheten till PCR-testning av allmänheten bort i och med ändrade rekommendationer. För Klinisk mikrobiologi vid Karolinska Universitetslaboratoriet betyder det att man gått från att analysera nästan 100 000 prov per vecka i mitten på januari till under 10 000 prov per vecka i slutet på februari. En utmaning nu är att kunna ställa om vad gäller personal och instrument, men även att ha beredskap att snabbt kunna skala upp igen om det skulle behövas.
Metagenomik är en viktig del av pandemiberedskapen
Under de senaste två årens pandemi har utvecklingsarbetet vid de kliniska mikrobiologiska laboratorierna delvis fått stå tillbaka. Å andra sidan har samarbetet mellan laboratorierna varit intensivare än tidigare. Genom Genomic Medicine Swedens (GMS) samarbete inom mikrobiologi har arbetet i Sverige samordnats framförallt vad gäller bioinformatik och datadelning, men också inom områden som typning av resistenta bakterier och metagenomik. Metagenomik innebär att man storskaligt sekvenserar all arvsmassa i ett patientprov och sedan använder avancerad bioinformatik för att se om det finns någon ”farlig” mikroorganism i provet som kan förklara patientens sjukdom. Detta skiljer sig från traditionell mikrobiologisk molekylärdiagnostik med PCR där man i förväg måste bestämma vad man ska leta efter (t.ex. SARS-CoV-2)
– Jag tror att området metagenomik kommer att vara en viktig del i vår pandemiberedskap framöver. Det kommer att ge oss möjlighet att identifiera oväntade och tidigare okända patogener, säger Jan Albert.
Projekt med att utveckla metagenomik för pandemiberedskap finansieras bland annat med medel från SciLifeLab Laboratory Pandemic Preparedness programmet.
Dela data för smittövervakning mellan regionerna
Ur en pandemiberedskap är möjligheten till en storskalig och enhetlig smittövervakning mellan regionerna av stor vikt. Det här är något som man har arbetat intensivt med inom GMS Mikrobiologi, regionernas kliniska mikrobiologiska laboratorier och Folkhälsomyndigheten de senaste två åren.
Det finns nu ett bioinformatiskt analysflöde, en så kallad bioinformatisk pipeline, för Covid-19 som alla sju Genomic Medicine Centers har enats om och som är i bruk. Med ett gemensamt analysflöde kan nya varianter av viruset kategoriseras och resultaten jämföras mellan regionerna. Ett gemensamt analysflöde underlättar också förvaltningen på sikt då nya uppdateringar kan göras samstämmigt över hela landet.
Isak Sylvin. Foto: privat
– För att ha beredskap för en framtida pandemi så är det av stor vikt att vi har bioinformatiska verktyg som underhålls och är spridda nationellt. Vi behöver ett aktivt nätverk med kunnig personal som snabbt kan vidareutveckla de här verktygen när det behövs, säger Isak Sylvin, bioinformatiker och koordineringsansvarig för GMS bioinformatiska Covid-19 pipeline, Göteborgs universitet.
Vi har redan fått en skjuts framåt genom arbetet med Covid-19 också för den rutinmässiga övervakning av multiresistenta bakterier, så som MRSA och VRE, menar Isak Sylvin. Runt om i landet har också det praktiska kunnandet byggts upp för hur man kan utveckla och sätta upp analysverktyg som kan användas för andra liknande situationer.
Är Covid-19 slut nu?
– Jag blev, som många andra, tagen på sängen i december över hur fort omikron-varianten tog över, säger Jan Albert.
Vi kommer förmodligen få se nya varianter av coronaviruset framöver menar Jan Albert. Då kommer sannolikt fokus för viruset att vara ännu mer på att undkomma den immunitet som finns i befolkningen, men det behöver inte nödvändigtvis betyda att det uppkommer ännu mer smittsamma varianter framöver.
– Visst tror jag att vi kommer att se coronafall till hösten och vintern, men jag tror inte att vi kommer att se lika extrema toppar som vi har haft. Och så småningom tror jag att SARS-CoV-2 kommer att bli ett luftvägsvirus som alla andra, avslutar Jan Albert.
Bild: Pixabay
