Under pågående coronaviruspandemi deltar Genomic Medicine Sweden, GMS, i den nationella koordineringen för utökad testning av SARS-CoV-2. Lärdomar som dras från prov- och datahantering av coronaviruset kommer att vara applicerbara för GMS utveckling av en nationell IT-infrastruktur för genomikdata.
Mikrobiologi och infektionssjukdomar är ett av sju fokusområden inom Genomic Medicine Sweden (GMS). Den nationella arbetsgruppen, GMS-Mikro, har ett pågående arbete med att utveckla gemensamma riktlinjer och metoder för att kartlägga smittspridningsvägar och påvisa antibiotikaresistens. Under den pågående coronapandemin har dock i princip allt arbete fokuserats på nationell hantering och analys av det nya viruset, SARS-CoV-2.
Snabb uppskalning av logistik och analys för utökad Covid-19 testning
I slutet av mars möjliggjorde ett betydande anslag från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse att Lars Engstrand, professor i smittskydd och föreståndare för Karolinska Institutets och SciLifeLab:s laboratorium för mikrobiomforskning och co-chair för GMS-Mikro, kunde skifta fokus och skala upp sin verksamhet för att analysera coronaviruset SARS-CoV-2. Genom ett pågående forskningssamarbete med Kina kunde fler instrument och reagenser för analys av SARS-CoV-2 säkras och på kort tid transporteras till Sverige.
Laboratoriet vid SciLifeLab/KI har kapacitet att utföra 5 000 analyser om dagen och är ett av de laboratorier som har fått uppdrag av Folkhälsomyndigheten att utföra testning av SARS-CoV-2. I tät dialog med Folkhälsomyndigheten och de kliniska mikrobiologilaboratorierna vid landets universitetssjukhus görs kontinuerligt prioriteringar av vilka prover som ska analyseras vid laboratoriet. Tack vare många volontärer från närliggande laboratorier kan analyserna köras dygnet runt. Svårigheten med att skala upp laboratoriet har inte varit att göra tio gånger så många analyser i själva laboratoriet utan att säkerställa ett logistiskt flöde mellan regioner och laboratoriet från provtagning av individ till dess att provsvar ges tillbaka.
– Just detta med logistikkedjan, från att prov tas till dess att svaret ges till individen, är något som jag tror de flesta inte insett komplexiteten i, säger Lars Engstrand. Det kan ha skapat viss frustration när regeringen annonserade en utökad testning som har tagit längre tid än förväntat. Logistiken vid Covid-19 testningen sätter fingret just på de utmaningar som finns i och med den uppdelning av hälso- och sjukvård vi har i Sverige och som GMS måste hantera när en nationell infrastruktur byggs upp.
Provtagning av personal vid äldreboende
Den region som har varit först ut med att använda SciLifeLab/KI laboratoriet för att provta personal vid äldreboenden och äldreomsorgen är Västra Götalandsregionen (VGR). Under den senaste veckan har alla 49 kommuner inom VGR börjat låta personal i omsorg, äldrevård och hemtjänst med lätta symptom provta sig själva. Proverna skickas sen till Stockholm för analys.
Lärdomar från coronapandemin för GMS framtida arbete
Redan innan coronapandemin hade en pilotstudie påbörjats inom GMS för att testa datadelning mellan regionerna i en IT-infrastruktur för genomikdata som etableras (se faktaruta). För denna används mikrobiologisk genomikdata, det vill säga arvsmassan från till exempel virus och bakterier, vilken har fördelen av att inte vara känsliga data ur ett integritetsperspektiv då det inte är mänsklig arvsmassa man undersöker.
– Vi hamnade i skarpt läge med coronapandemin där vi nu bygger en IT-infrastruktur och samtidigt lär oss i snabb takt, säger Per Sikora, koordinator vid regionalt GMS center, Sahlgrenska Universitetssjukhuset och co-chair för GMS-Mikro. Även om läget är svårt så tror jag att vi kommer ha stor nytta av det vi bygger upp nu för att kunna sjösätta datadelning inom andra delar av GMS.
Målet med GMS Mikrobiologis arbetet är att minska risken för smittspridning av olika infektionssjukdomar samt att kunna kartlägga smittspridningsvägar vid sjukdomsutbrott. Lärdomar vad gäller till exempel logistik, informatik och de legala hinder som finns, både inom SARS-CoV-2 testningen och inom mikrobiologi pilotstudien, är applicerbart för hela GMS för att skala upp prov- och datahantering. Många lärdomar dras också inför utveckling av system för att övervaka smittspridning av andra mikroorganismer som till exempel multiresistenta bakterier, meticillinresistenta Staphylococcus aureus (MRSA).
– Mycket finns kvar att göra, men det är glädjande att se att GMS kan bidra omgående till insatserna mot coronapandemin samtidigt som vi bygger upp en infrastruktur för införande av precisionsmedicin på lång sikt i Sverige, säger Per Sikora.
Provkit för självtestning packas vid SciLifeLab/KI CTMR laboratoriet. Foto: Jessica Alm.
Ett av GMS huvudmål är att bygga en IT-infrastruktur för genomikdata där data ska kunna lagras, kopplas med annan hälsodata och delas mellan sjukvårdsregioner för bättre diagnostik och individanpassad vård. Den IT-infrastruktur för genomikdata som byggs kommer också vara en unik forskningsresurs för akademi och näringslivet. Infrastrukturen för att dela data som nu sätts upp kommer också kunna ligga till grund för att framöver dela andra omics data. Målsättningen är att bygga en nationell skalbar informatiklösning som kan få stor nytta även på andra håll.
